Viện Đại học Bách khoa Thủ Đức gồm có 7 trường đại học thành viên, trong đó có 3 trường đã tồn tại và hoạt động riêng rẽ trước đó và 4 trường mới:[4]

1. Trường Đại học Kỹ thuật: Tiền thân là Trung tâm Quốc gia Kỹ thuật Phú Thọ (1957), bao gồm Trường Cao đẳng Công chánh, Trường Cao đẳng Điện lực, Trường Kỹ sư Công nghệ, và Trường Việt Nam Hàng hải. Năm 1972, Trung tâm này trở thành Học viện Quốc gia Kỹ thuật. Năm 1974, Học viện Quốc gia Kỹ thuật đổi tên thành Trường Đại học Kỹ thuật và sáp nhập vào Viện Đại học Bách khoa Thủ Đức. Dưới chính thể Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam, Trường Đại học Kỹ thuật trở thành Trường Đại học Bách khoa Thành phố Hồ Chí Minh.[5]
2. Trường Đại học Nông nghiệp: Tiền thân là Trung tâm Quốc gia Nông-Lâm-Súc, rồi Học viện Quốc gia Nông nghiệp (1972). Dưới chính thể Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam, Trường Đại học Nông nghiệp trở thành Trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh.[6]
3. Trường Đại học Giáo dục: Tiền thân là Trung tâm Huấn luyện Sư phạm Kỹ thuật. Dưới chính thể Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam, Trường Đại học Giáo dục trở thành Trường Đại học Sư phạm Kỹ thuật Thủ Đức (1976) rồi Trường Đại học Sư phạm Kỹ thuật Thành phố Hồ Chí Minh (1984).
4. Trường Đại học Kinh Thương ("Kinh Thương" là viết tắt của "Kinh tế và Thương mại").
5. Trường Đại học Khoa học Cơ bản.
6. Trường Đại học Thiết kế Thị Thôn ("Thị Thôn" là viết tắt của "Thành thị và Nông thôn").
7. Trường Đại học Cao cấp (tiếng Anh: College of Graduate Studies), điều phối các chương trình đào tạo bậc cao học và tiến sĩ.